名称を「横手清陵学院」とすることによって，横手に新しく誕生する学校は一つの学校であること、また「中学校・高等学校」と並記することで，この学校は中学校の課程と高等学校の課程が併設された中高一貫教育校であることを示して，中高が一体となり子供たちを６年間継続して育んでいくことを表している。
美しい山並みと清らかな旭水，山と川のある町，横手市東端の豊かな自然に抱かれた学校は，西に大きく開けた横手盆地をはるばると見渡せる位置にある。生徒たちはこの「清陵」の地から，遙か出羽丘陵や鳥海山を眺めながら，将来の夢を育んでいく。「陵」は「凌」に通じ，並ぶものを凌いで学校が発展していくという清新で力強いメッセージを発している。

図案作者は今野秀幸先生（県立高校教諭）
図案補作は青木隆吉先生（元秋田公立美術工芸短期大学教授，秋田県デザイン協会会長）
揮毫　後藤　竹清　先生

本校は「山と川のある町」横手市の大沢地区に位置し、東に奥羽山脈を仰ぎ、そこから流れる横手川の清流が潤すところにあります。二つの若草色の山並みは、中高一貫教育校として中学校と高等学校が一体となっている様子を示し、そこで生徒がステップアップしていくことを表現しています。また、青い川の流れは「ＳＥＩＲＹＯ」の「Ｓ」を形成しており、若草色と青を基調とした明るい構図と山の先端は、未来に向けて躍進していく横手清陵学院の姿を表しています。

　本校の校歌に、青春の学舎には「学び、競い、望む時には常に友はいる」と謳われて
いる。青春の時を送る横手清陵学院生たちは、志を同じくする友と共に、互いに切磋琢磨し、
学び、競い、自らの将来を望みながら、より高く、より大きく、より良く成長し、２１世紀を主体的に生き抜く人材となることが強く期待されている。

本校の校歌に，青春の学舎には「学び，競い，望む時には常に友がいる」と謳われている。青春の時を送る横手清陵学院生たちは，志を同じくする友とともに，互いに切磋琢磨し，学び，競い，自らの将来を望みながら，より高く，より大きく，より良く成長し，「２１世紀を主体的に生き抜く人材」となることが強く期待されている。